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タイトルまんま。社内ツールで PDF に透かしを入れたかったので調べた。若干面倒だけど PDFBox が良かった。
ちょっとググってみると E-ICEBLUE さんとか出てくる。かなり使いやすい。有料版は普通に使えると思う。有料版の体験版は1ページ目の一番上に「体験版だよー」って文字が入る。無料版もあるがこちら、10ぺージまでしか PDF 出力ができない。ページ数が少ないって分かっているなら選択肢かも。有料体験版のライセンスは確認していないけど無料版は商用利用可能らしい。有料版のお値段はこちら。
iText さんもよいらしい。AGPL ライセンスの元、無料版もある（事実上、商用利用は有料）。
PDFBox は Apache ライセンスなので安心。
ただ、社内ツールだったので今考えたら AGPL の iText さんのものでよかったのでは……
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